A Associação Nacional de Estudantes de Química começou por surgir no último dia do I ENEQUI, em Coimbra, onde, na primeira Assembleia de Estudantes de Química em Portugal, surgiu essa ideia por parte dos estudantes de Coimbra. Nesta altura, em março de 2013, apenas existiam Núcleos de Estudantes de Química nas Universidades de Coimbra, Aveiro, Beira Interior e Minho. Infelizmente, o Núcleo desta última Universidade dissolveu-se pouco tempo depois, tendo voltado a reconstituir-se mais recentemente.
Menos de um ano depois, os três Núcleos referidos anteriormente, juntamente com o recém-criado Núcleo de Estudantes de Química da Universidade do Porto, criaram oficialmente a ANEQ, no dia 28 de Fevereiro de 2014. No dia 30 de Março, último dia do II ENEQUI, na Covilhã, toma posse a primeira Direção, Mesa da Assembleia e Conselho Fiscal da Associação Nacional.
A ANEQ procura defender sempre todos os estudantes da Área Científica de Química dos 1º e 2º Ciclos de Instituições de Ensino Superior em Portugal, representados através das suas Associações/Núcleos de Estudantes/Comissões membros da ANEQ. É uma Associação sem fins lucrativos. Tem sede no Departamento de Química da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra, na sala B.56.